Historiquement, l’Egypte était le deuxième pays au monde, après le Royaume Uni, à avoir un chemin de fer. Le 16 septembre 1856, l’Egypte inaugurait la première ligne de chemin de fer dans le continent africain et au Moyen-Orient. C’était au temps du Khedive Abbas 1er. La ligne de chemin de fer allait d’Alexandrie au Caire, soit 209 km. Khedive Abbas Ier, a signé un accord avec l’ingénieur

Robert Stephenson pour la construction du chemin de fer dont le coût était estimé à 56.000 Livres, en 1850. En 1851, Stephenson avait accepté de devenir ingénieur en chef des chemins de fer égyptiens entre Alexandrie et Le Caire. En 1855, il inaugurait les deux premiers ponts mobiles d’Egypte, à Kafr Zayat et Benha.

L’État, plus précisément le khédive, s’est chargé de commander et d’exploiter les voies ferrées avant 1876. La distance Alexandrie-Caire était achevée en 1856 et diverses villes du Delta réunies en 1868. Un réseau indépendant en Haute-Égypte, en 1867, reliant Le Caire et Asyūṭ vu le jour. Embranchements et lignes de jonction sont construits pour alimenter les voies principales.

Ismaïl donne en gage les chemins de fer pour les emprunts de 1866 et 1873. L’instauration du condominium anglo-français en 1876 s’accompagne de la création d’une Administration des chemins de fer et du port d’Alexandrie.

La première gare est mise en service le 16 septembre 1856 ; c’est le terminus de la ligne Alexandrie – le Caire, première ligne de chemin de fer d’Égypte. Le bâtiment voyageurs actuel est construit en 1892 et restauré en 1955. Au mois d’août 2006, la monumentale statue de Ramsès II, installée sur la place face à la gare par Gamal Abdel Nasser dans les années 1950, quitte son emplacement pour aller à 30 kilomètres plus loin, plus précisément à Gizeh et son nouvel emplacement est à proximité du futur Grand Musée égyptien à moins de trois kilomètres des pyramides.

La gare est de nouveau rénovée et réaménagée en 2011. Le transit journalier est d’environ 3,2 millions de voyageurs.