Né en France (1846-1915), Eugène a été directeur de l’Institut français d’archéologie orientale du Caire en 1883 et jusqu’en 1886, il succède à Eugène Lefébure à la direction de l’Institut français d’archéologie orientale, créé par Gaston Maspero en 1880, avant de succéder à Maspero au poste de directeur du Service des antiquités et du Musée égyptien en 1886, créé par Auguste Mariette en 1858, laissant la direction de l’IFAO à Urbain Bouriant.
Eugène Grébaut s’est spécialisé dans la philologie égyptienne, il a publié des hymnes à Amon-Rê conservés au Musée de Boulaq et s‘est intéressé à la métrique égyptienne, il prépara sur ce sujet une étude demeurée inédite. Au cours de sa direction du Service des Antiquités de l’Égypte, il assure notamment le suivi d’un nouveau désensablement du sphinx de Giza, ordonné par Maspero, et le transfert du Musée égyptien, depuis le palais de Boulaq, vers un nouvel édifice construit à cet effet à Giza, qui se révélera rapidement insuffisant.
C’est en 1889-1890 qu’il participe à la découverte de la « Seconde Cachette de Deir el- Bahari » qui contenait 153 sarcophages et momies appartenant à des familles de prêtres d’Amon. Il démissionna de son poste en 1892 et passa le reste de sa vie en France.