Achevée en 1183 par Salaheddine Al-Ayyoubi, la citadelle a été le siège du gouvernement pendant 700 ans jusqu’à ce que le khédive Ismaïl déménage au Palais d’Abdine, construit au centre-ville du Caire dans les années 1870.

La citadelle est différente aujourd’hui de celle d’origine, alors forteresse de défense contre les armées des croisés. Elle a été agrandie et remodelée par les différents dirigeants.

Au XIVe siècle, le sultan Al-Nasser Mohamad y construit une mosquée, qui porte toujours son nom, ainsi que l’enceinte sud du fort, à côté des murs édifiés par Salaheddine.

Les changements les plus notables ont eu lieu au XIXe siècle, lorsque Mohamad Ali a accédé au pouvoir. Il reconstruit une grande partie des murs externes et remplace plusieurs des bâtiments intérieurs délabrés.

Sa mosquée, construite dans le style dit ottoman baroque, imite les grandes mosquées d’Istanbul. Au sud de la mosquée, le palais des bijoux a été construit entre 1811 et 1814, et aujourd’hui c’est le Musée national de la police. La citadelle abrite aussi le Musée national militaire et la mosquée de Soliman pacha, finement décorée et qui reste un bel exemple du style ottoman.